Imported Disease Annotations - MGIObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Yme1l1 | Rat | dilated cardiomyopathy | | ISS | Yme1l1 (Mus musculus) | 13592920 | | MouseDO | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Imported Disease Annotations - MGIObject Symbol | Species | Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Yme1l1 | Rat | dilated cardiomyopathy | | ISS | Yme1l1 (Mus musculus) | 13592920 | | MouseDO | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| # | Reference Title | Reference Citation |
| 1. | Identification and characterization of YME1L1, a novel paraplegin-related gene. | Coppola M, etal., Genomics 2000 May 15;66(1):48-54. |
| 2. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 3. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
| 4. | Electronic Transfer of LocusLink and RefSeq Data | NCBI rat LocusLink and RefSeq merged data July 26, 2002 |
| 5. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
| 6. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 7. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 8. | Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. | Strausberg RL, etal., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Dec 24;99(26):16899-903. Epub 2002 Dec 11. |
| Yme1l1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| YME1L1 (Homo sapiens - human) |
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| Yme1l1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Yme1l1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| YME1L1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| YME1L1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Yme1l1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| YME1L1 (Sus scrofa - pig) |
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| YME1L1 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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| Yme1l1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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| Yme1l1 (Rattus rattus - black rat) |
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| The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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| The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
| D17Got106 |
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| AF090430 |
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| PMC290270P1 |
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alimentary part of gastrointestinal system
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appendage
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circulatory system
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ectoderm
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hemolymphoid system
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mesenchyme
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mesoderm
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musculoskeletal system
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nervous system
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renal system
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reproductive system
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sensory system
|
visual system
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7 | 1 | 18 | 52 | 67 | 138 | 95 | 11 | 51 | 36 | 32 | 17 | 17 |
| RefSeq Transcripts | NM_053682 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_006254369 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AF151784 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| BC081751 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH474100 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| JAXUCZ010000017 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000023395 ⟹ ENSRNOP00000023395 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000081249 ⟹ ENSRNOP00000071378 | ||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||
| Position: |
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| Ensembl Acc Id: | ENSRNOT00000108331 ⟹ ENSRNOP00000080549 | ||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
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| RefSeq Acc Id: | NM_053682 ⟹ NP_446134 | ||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XM_006254369 ⟹ XP_006254431 | ||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
| Protein RefSeqs | NP_446134 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_006254431 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH81751 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAK57557 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDL83929 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000080549 | ||
| ENSRNOP00000110660 | |||
| GenBank Protein | Q925S8 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_446134 ⟸ NM_053682 |
| - UniProtKB: | Q925S8 (UniProtKB/Swiss-Prot), Q66HP7 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| RefSeq Acc Id: | XP_006254431 ⟸ XM_006254369 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - UniProtKB: | Q925S8 (UniProtKB/Swiss-Prot), G3V886 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000023395 ⟸ ENSRNOT00000023395 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000071378 ⟸ ENSRNOT00000081249 |
| Ensembl Acc Id: | ENSRNOP00000080549 ⟸ ENSRNOT00000108331 |
| Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
| AF-Q925S8-F1-model_v2 | AlphaFold | Q925S8 | 1-715 | view protein structure |
| eQTL | View at Phenogen | |
| WGCNA | View at Phenogen | |
| Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:620764 | AgrOrtholog |
| BioCyc Gene | G2FUF-8477 | BioCyc |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000017100 | Ensembl |
| ENSRNOG00000055012 | Ensembl, ENTREZGENE | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000108331 | ENTREZGENE |
| ENSRNOT00000170016 | ENTREZGENE | |
| Gene3D-CATH | 1.10.8.60 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| 1.20.58.760 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| 3.40.50.300 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7108995 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | AAA+_ATPase | UniProtKB/Swiss-Prot |
| AAA_lid_3 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ATPase_AAA_core | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ATPase_AAA_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| FtsH | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| P-loop_NTPase | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Peptidase_M41 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Peptidase_M41-like | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| MGC_CLONE | MGC:93290 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 114217 | ENTREZGENE |
| PANTHER | ATP-DEPENDENT ZINC METALLOPROTEASE YME1L1 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| METALLOPROTEASE M41 FTSH | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Pfam | AAA | UniProtKB/Swiss-Prot |
| AAA_lid_3 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| Peptidase_M41 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| PhenoGen | Yme1l1 | PhenoGen |
| PROSITE | AAA | UniProtKB/Swiss-Prot |
| RatGTEx | ENSRNOG00000017100 | RatGTEx |
| ENSRNOG00000055012 | RatGTEx | |
| SMART | AAA | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Superfamily-SCOP | SSF140990 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| SSF52540 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| UniProt | A0A0G2K0B5_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| A0A8I5ZQI4_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A0ABK0LY48_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| A6KRZ1_RAT | UniProtKB/TrEMBL | |
| G3V886 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Q66HP7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Q925S8 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2021-03-09 | Yme1l1 | YME1-like 1 ATPase | LOC108348078 | ATP-dependent zinc metalloprotease YME1L1 | Data merged from RGD:11358998 | 737654 | PROVISIONAL |
| 2016-08-02 | LOC108348078 | ATP-dependent zinc metalloprotease YME1L1 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL | ||
| 2013-07-09 | Yme1l1 | YME1-like 1 ATPase | Yme1l1 | YME1-like 1 (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2004-09-10 | Yme1l1 | YME1-like 1 (S. cerevisiae) | YME1 (S.cerevisiae)-like 1 | Name updated | 1299863 | APPROVED | |
| 2002-08-07 | Yme1l1 | YME1 (S.cerevisiae)-like 1 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |
| Note Type | Note | Reference |
|---|---|---|
| gene_disease | human homolog has similarity to human paraplegin (SPG7), which is mutated in an autosomal recessive form of hereditary spastic paraplegia | 727774 |