Pdc<sup>em2Mcwi</sup> (phosducin; zinc finger nuclease induced mutant 2, Medical College of Wisconsin) - Rat Genome Database

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Gene: Pdcem2Mcwi (phosducin; zinc finger nuclease induced mutant 2, Medical College of Wisconsin) Rattus norvegicus
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Symbol: Pdcem2Mcwi
Name: phosducin; zinc finger nuclease induced mutant 2, Medical College of Wisconsin
RGD ID: 5687695
Description: This allele was made by ZFN mutagenesis. The resulting mutation is a 14-bp deletion in exon 5 (del 489-502)
Type: allele  of Pdc  
Previously known as: Pdc^[em2Mcwi]; Pdcem2Mcwi
Is Marker For: Strains:   SS-Pdcem2Mcwi  
Latest Assembly: mRatBN7.2 - mRatBN7.2 Assembly
Position:
Rat AssemblyChrPosition (strand)SourceGenome Browsers
JBrowseNCBIUCSCEnsembl
Cytogenetic Map13 RGD


References

References - curated
# Reference Title Reference Citation
1. Knockout rats via embryo microinjection of zinc-finger nucleases. Geurts AM, etal., Science. 2009 Jul 24;325(5939):433.
2. PhysGen Knockouts PhysGen Knockout strains

Genomics

Allelic Variants
Name Chromosome Start Pos End Pos Reference Nucleotide Variant Nucleotide Variant Type Assembly
Pdcem2Mcwi-var1 chr13 67545430 67558600 CAGAGATTCTCACCCACTGGACATAATCTAGGACTCCAGGAACAGAGACCCCAAACTGTGAGTCTACAAGTAATGTTTTTGATAATACATTTTTAAAAGAAATTTGTCTTGGGGGAAATGACTTCGGTGTTCATAGGTTATTGTGTTATTTTCAAATATTTCCAACTAACATCAAGTATGCTCTAAAGACAATTACATACTGTATTTATTTCCCTCTTAAAGCCATTTGCATTATCAACCTCTGTTAATCAAAGTTCAGACAAAGTGTGAGTCTGATGTCCTGCGTACTTGATATAAATCCTCAAATGAGGAATTAATTCTGAAACTTTAAATTCTTCAGTTTTCCTTTGAATGCGAGAAGAACTGAAGGGAAGAAATGGCCATGCCTTTCACTTTGTGTTTGAGAATTTGGCTCTCAGCACACAGAAAGCAGCATGTCACTCAATACTAAAGCCTTTTCACTTAATACTAAGGCATTGCAGACCACTGAGTAACACAGTCAAAAGTGTGCTTTAAGGCTTTTTGATAACCCAACATATTTCAGGCTGTTGTTTCTTTTTTAAACATTAAAATAGAGATAAAAATATCTACTTCAAATTTCTAAAACCTTGAAGAGATTGAAGTGATGTTTCTTTAAACAAATATTGAGAACTTGATGGGATTTGCTAAGTTATGTGAAAATTTTCTTTTGATTAATTTCATTTTCTTTCTACCTTGCCCCAATTTTGCTGTTTGGGTAATGAAAATGAGTTTAGTGTGTTTTCCCCGTTGCTTTAAAAATGAAGTTATTTTATTAACTACAAACAGCTTTTAACTAGCATTCATTTTAAGAGAATATATGCAAATATATCCATTATACATGATACATGAAATCACATTATTGTATAATTTACTCCACAGATCATCTAATTCATCAAATTGAGAATTGTCCATTTCTGACCAAATATTTTGCTTAGCAAGTAGATTTTATGCTACATTATTATCAAAGTGTCTGGAGGACTGTAATATTCATAATAGAGTTAAGCAATATATCCTGAAGCTAAATGGGTTTACTAAAAATGTATAACCAGGAAAGACAGCTGCCGTAGACTTCTTGGATGGCTGTGATACTTCTATCCTCTCCAGAATAAGAGAATGTCTAAAGACCATGAGAGCGAAGCTCATATTGAATCCCATCTTAACTCTGAAAGCTCATATTTAGTAAAAGTTTTGCTAATACAACAGGTTGACAGATATAAATCTGCTATTGCCCATGTGTTCCTGGCATCCAAAAGTCATCCCACTCCTTCCTCCTGCCCAGGCTCATGCATTCAAAAGGCGACACTATGTACAGAGTGGGGAAGAAGCTAGGAACATCCTCACAGCATCCGATGTCTAAGTTTCCATCACACGCCTTCCATCAGGTGTCAGGAACTGTCTAGGGTCTGCGGGAGAGCGGTAGTGTATGAGCTAAGGGTGTGCTTTACATGCAAAGAAGAGTACAGTAGCAATTGTGGAGTTTCCACCACTCGCTAGGCTCAGTGTTCGTATTGATTGTTGCTGTTTTAAACTGCCTTATATTCCAGTCGTGCTTGTAGTCATTTGTCTTTAAAGAAAACTCTCATTATGGTAACTGTGAACTGTAAAGGCTCACGCATCGCCAAATTAACGACTAGGATAACTAATGGTAGCAACAGAAATACTGGGTGTCTTTGCTCTGAGTAAAGGCCTAGTTCATTCGTGAGCTGAAATGCAGGGAGGAGTATGAGTGCCAGCTGTATGAGGCACTGTGGCATTAACCCAGAAAGGGAAACCAATCACTTGACAATTAGCAAAACCATAAATTCTCATGAGAGAATAATCGTGTCACATCCCACCTAAATCAACATTCCTATTTCCTCTTCTCCATTCCATGTTCATTTTACTCTGCTATATTCCCCAATTCAAGATTTTGATGTTTCATTTTGTATGTTCTCAAATGCCTTGCAGCAAATATTCTTATGAAATAAAAATCAAAGTACTGTTACAAAGCCCCCAGTCAGCAATGGAATAGGAATGTACAAAATAGCAGAGGGGAAAGATGTATGATGTGTGCATGTACATACGTATGCATACATGATCTTTGCTAGGAAAGACAATTATATATAAGCAGAACATATATGTATTGACTCTTAAAATTTAGATTTAGTTGACTATATAAATTATTATTTTTATTTAGGCTTCATTTTTTATTCACTAATTAACAAACTGGTTTTTATTTAAAACGTTTTAAGTGACCAATAATAAATACTATACACTTTACATAATTCCTTGCATTTATTCACCATACACTTTCTGAAATAGATACAGTTATTACTCTCAGTTTTAGGAATGAAACACTAAAGCAAATAGTTTTAGTGATTTGCCCAAGGTCGTATAGCTAAGGGTTAGCAGAGCTAGACTTCAATCTGTGTTCAAGTGCTAACACACTACGTACACTCCCATTCAAAGCATTTAGATACGTGGTCCACAGGAAATCACATTCTTCTTTTGAGGAAAAGATACATGCAAATAGATTAGAGGGTGATTTTAGAGATTCACAGCGATGAGGCATAAACTCTCCTGTGTGATGCTACTGGCCTAAGAGCACACTTTCCACTACCGCTGTCTCCTCCAAGTCTAAGGTCAGAACAGTGCGCTGGACTGGCAAACAGAGGAGAATATGGCTTTGGGGAATAATTACCTCTGTCTTTCTGATTTGAAAGAAGAGTTCCTAGTAGTTCTCACACGACCTGACATGGTGTTGTCAGGCCTATTTCACATGAAATCAACCAGTTGCTTGTTTTATTGAGAAATACAAAATGCTTTCTTACAGGAGCCCAGTATGACACTGGGGAAGATATTTGTGGCAGGGGTTAAATATCTCAATGAACACATTAATATTGGTGAGAACATTAGCCTGGCTTAGTTGATCAGATTAGCTCACAGTCACCTTGGAACACCAAAGTAGACACGTAGGAGACATATGACAAAAAAAATGGAAGAAAAGGGAGAGCAGGAGGAGCGACAAGGATGATTGGATGCACTGTGACTCCCATGGAACACAGGGCATGGTATGAAATCCAGCTTTCTTGCACCAGTAAAGAGCAAACAGGAAATTATGGATTTTATCCACCTCACACTTGCTAGTTTCAGCCACCTTACTAAATAACAGCTCCTCACAGATTGGAGAGATGAATCCATGCTTGCTTGCTGCACAAGTCTGATGACATGAGTTCGAATCCCTGGAGCACACTTAATCAAAAAGCTAGCAGTGGTGGTAGACATCTAATGTCAGCAGTGTGAGGGAGATTGGGCAGAGAAAGGCCAAGCATAAGGATACTTAAGCAACTGAAATAAAAGAAAAACAGTCTCATGTCAACTTGCGCCTCCACAAAGGTACCCTCACAAGCAAGTGCACACCCTTTGATGTGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCTACAAACTTGCACATATACAAAAAGGTGGACCAATGGAAGTAGTTCTTTGGTTCTATCACAGTTAGTTAATAAATTTTTTATTAATTAAATAAGTGTAATAGGAGTTATAGTTCAGTCAGAAGAGGGCTTGCCTAGTATACAAGAAGCCCTGGTCTCAATTTATATGCCAAGTGTACTAGCCCAGCTTGAAATCACAGCACTCAAGGGGAGTTAAAGACAGGAAGATCAAATGTTCAAGATAATTCTCGGATACAGGCTAAGTTCCAGGCTAACCTGGGATGCCTAAGATCCTAACTCAAAACCAACAAACAAGGAAGCAGTAAGCGAAGAAACACTTTCTAACAGCCCAACATTAAAGAGAAGCCGGGTCACTGACTTTTACATCTTGGTAAGATGAAAAATGCAATAACCCTTCTGTCCCCTAAGATGAAAACCACAGTAATTCAGACAGCAAATGTTGATGAAGTCAACATGTGTTTTCTGTCTTCTTGCTCCATTTTAACATCAATTTCCAGCCACATAAAAACATTCTCATTGCCATCCAAAAGCTTGTAATAATATCAGTTACTTAGAAATCAACCATTACTCATAACATCATTTCATGCCAAATGTTGATTTTGTTGTTGTTGTTTTGGTTTGGTCTGGTTTTTTTTTTCAAATATGGCATCTCTGTATAGCCCTAGCTGTCTTAGAACTCACTCTGTAGATCAGGCTGACTGAGAACCCATAGATCCCTTTGCCTCTGCCTCTTGAATGCTAGGACTAAAGGCATCCACTATCACCGCTTGGCTCAAAAGCTGATTTTTTTAATTAAAAATACTTAAAATACATTTTATTTTATACAACAGGAAAATAAGACGTTTATTTTCTTTTAAATACATTTTTGTTTTTTTTTTTAGAATTTCATGCATAATTATTGCATTTACATCATTTTAACCCTGTACTCTCCCCTTTTTGGTTCCTATGTTTCCTCATTTCCTCTCAGCTTCATGGGCTCTTATTATTTAATTGTAATAGATAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATATAGATGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGACAGACAGGTCACAAAGAGATAGATACCTAGAACCTACTAAATCAATTTAGTGATATGTATCAGGGGACTTGTCCCTGTAAAAGACTAATTTTTTCCTGTCTTAGCCGTCATTAATTGCCTGTAGCTCTTCATCTAGGGGTGGGGCCTTATGATATTCCCCCATTTTACAATTGATACGGTAACTGGTATTGTAATTGTTCATGTCTTGTTTAGAAAATATTTATTTTCTGTATGCCAGGATACATTATTTTTGAATATCAATGTAACTGCTTATATGGTGGCAATGTAAATAAAATGTGATAGATTATTTGGGATAACTAGCAAGTCCTAGAGGAGGCAGTTAGAGGGGAAATTACTATGAATATAGATAAACCCATCAATAATGAGTAATATTCT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- deletion Rnor_6.0

Related Rat Strains
The following Strains have been annotated to Pdcem2Mcwi


Expression


Sequence

Nucleotide Sequences
RefSeq Transcripts NM_012872 (Get FASTA)   NCBI Sequence Viewer   Search GEO for Microarray Profiles


Additional Information